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2022年3月20日，業(yè)務(wù)中心接到蘇州某大學(xué)的客戶有計算需求。接到反饋后，第一時間與客戶進(jìn)行詳細(xì)溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是蘇州某大學(xué)的博士，其主要研究物質(zhì)是聚乳酸-羥基乙酸共聚物（PLGA）、雙草酸酯（CPPO）、二氫卟吩e6（Ce6），實(shí)驗(yàn)組：PLGA與CPPO復(fù)合后在水相形成納米球（約100 nm）納米球外層為水相，對照組：單純的CPPO與Ce6的水溶液。通過對比實(shí)驗(yàn)組和對照組的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，發(fā)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)組的結(jié)構(gòu)更加穩(wěn)定，但對這個原理并不了解，因而想通過模擬的方法來達(dá)到探究實(shí)驗(yàn)組更加穩(wěn)定的目的。

樣品名稱

聚乳酸-羥基乙酸共聚物（PLGA）、雙草酸酯（CPPO）、二氫卟吩e6（Ce6）

客戶需求

其研究目的如下：

1.實(shí)驗(yàn)組在模擬環(huán)境中，由于PLGA對CPPO的相互作用，體系維持穩(wěn)定，CPPO可緩慢從PLGA中釋放并與Ce6相互作用；

2.對照組在模擬過程中，由于CPPO的水溶性差，發(fā)生快速聚集，穩(wěn)定性較差。

解決方案

軟件用gromacs，力場用的GAFF2；

1.用基本結(jié)構(gòu)去建模，然后產(chǎn)生力場文件，生成top；

2.按照比例放置分子數(shù)量和設(shè)置模擬盒子大小；

3.隨后進(jìn)行長時間的動力學(xué)模擬，觀察其包埋狀態(tài)，當(dāng)其包埋好之后開始對其結(jié)果進(jìn)行分析；

4，計算分子整個體系的SASA，相互間的距離變化；

5.分析分子間的接觸數(shù)，最后會有從初始到結(jié)束的過程圖片。

客戶反饋

客戶對數(shù)據(jù)結(jié)果非常滿意，通過分子動力學(xué)模擬，結(jié)果能夠非常好的契合其研究目的，模擬結(jié)果表明，包含PLGA分子的實(shí)驗(yàn)組體系中，由于PLGA與CPPO分子間的相互作用，導(dǎo)致CPPO分子與Ce6分子間的聚集速度減慢，形成納米團(tuán)簇的時間變長。